Il s'agit des archives de l'association. Elles comprennent trois types de documents : ceux sur les campagnes menées par ContrAtom, ceux relatifs au fonctionnement de l'association et, enfin, un ensemble très riche de documentation de travail utilisée par l'association justifiant la présence de documents remontant au milieu des années 1970, donc plus anciens que la fondation de ContrAtom. La richesse en échanges avec d'autres organisations antinucléaires et les différentes tentatives de construction et fonctionnement de réseaux nationaux et internationaux sont également possible à reconstituer grâce à la présence, à tout niveau et notamment dans la documentation, de pièces relevant de ce type d'activité.
Le fonds contient également des documents graphiques (affiches, autocollants, etc.) ainsi que des artefacts (panneaux utilisés pour les manifestations).

Le dossier Malville contient la documentation produite et rassemblée dans le cadre de la campagne contre le surgénérateur de Creys-Malville entre 1986 et 1998. Bien que Contratom ait été un moteur important de la campagne des dizaines d'organisations européennes se sont mobilisées contre Creys-Malville à cette période. Les documents disponibles dans le dossiers sont produits dans le contexte d'un travail de coalition réalisé dans ce cadre, particulièrement à partir de fin 1989 lorsque ces organisations fondent le Comité Européen Contre la Surgénération et le Retraitement (CECSR). Le dossier est organisé en sous-dossiers chronologiques, un par année. Chaque sous-dossier est constitué de trois types de chemises :

1. des chemises dédiées aux documents revenant de manière récurrente: documents internes, courriers, notes, divers, communiqués, manifestations et événements et documentation scientifique,
2. des chemises concernant des temps forts de la campagne,
3. des chemises thématiques constituées lors du classement ou trouvées telles quelles dans le fonds.

Les "temps forts" se poursuivant parfois sur plusieurs années, on trouve des chemises "recours au redémarrage de 94", par exemple, dans plusieurs sous-dossiers. L'inventaire de chaque sous dossier indique toutes les chemises qu'il contient.