Il s'agit des archives de l'association. Elles comprennent trois types de documents : ceux sur les campagnes menées par ContrAtom, ceux relatifs au fonctionnement de l'association et, enfin, un ensemble très riche de documentation de travail utilisée par l'association justifiant la présence de documents remontant au milieu des années 1970, donc plus anciens que la fondation de ContrAtom. La richesse en échanges avec d'autres organisations antinucléaires et les différentes tentatives de construction et fonctionnement de réseaux nationaux et internationaux sont également possible à reconstituer grâce à la présence, à tout niveau et notamment dans la documentation, de pièces relevant de ce type d'activité.
Le fonds contient également des documents graphiques (affiches, autocollants, etc.) ainsi que des artefacts (panneaux utilisés pour les manifestations).

Ce dossier rassemble divers documents (communiqués de partis ou d'associations, coupures de presse) relatifs aux débats politiques autour d'une extension du tronçon autoroutier; est également évoquée la proposition alternative de traversée sous-lacustre.

La première chemise contient des coupures de presse, notes et communiqués concernant la fuite de 550kg de brome de l'usine Firmenich à la Jonction le 8.11.1984, de même que la manifestation qui s'ensuit et des actions légales entreprises par la société civile. Le nuage avait affecté la population, dont l'association de quartier avait porté plainte pour mise en danger de la vie d'autrui - plainte rejetée car les dommages causés n'étaient pas reconnus comme suffisamment graves. Après recours, l'entreprise Firmenich est condamnée à une amende pour négligences et erreurs dans la surveillance. Le nuage de brome n'est pas reconnu comme toxique de par sa fabrication à but utilitaire et non militaire, malgré les demandes et protestations du public.
La deuxième chemise contient des coupures de presse, des communiqués et rapports officiels, des notes, pétitions et tracts au sujet des risques sanitaires liés à l'entreprise Givaudan et à sa succursale Icmesa. Après l'accident industriel survenu dans cette succursale (accident de Seveso) en 1976, les demandes du public en matière de transparence sur les risques d'accidents sont accrues, et un rapport officiel est publié pour expliquer les limitations en place - en mentionnant toutefois l'impossibilité de contrôler systématiquement l'ensemble des combinaisons chimiques possibles. Sont ensuite mentionnés un incendie contenu à Givaudan en 1977, suivi du désastre de Seveso causé par l'usine Icmesa. Une mauvaise communication à la suite du sinistre entraîne une exposition de la population à des produits chimiques nocifs, ainsi que des ravages écologiques. A Genève, plusieurs associations citoyennes demandent des mesures de sécurité renforcées à la suite de ces événements. Le dossier contient toutefois un article décrivant un autre incendie chez Givaudan en 1984.
La troisième chemise contient une coupure de presse et, principalement, des documents officiels d'étude des conséquences de l'explosion à l'usine Icmesa de Seveso, en 1976. Dans les années suivant la catastrophe, les effets des produits chimiques présentes à haute concentration dans la région sont observés chez les habitantes et habitants, pour des résultats non conclusifs selon les experts. Les populations locales avaient été évacuées, les sols étant contaminés et les animaux décimés.
La quatrième chemise contient des coupures de presse, des documents officiels ainsi que des articles scientifiques au sujet de la dioxine, l'élément chimique responsable de la catastrophe de Seveso. Sont évoquées la disparition et la redécouverte de fûts de dioxine évacués de Seveso, cachés en France, puis acheminés en Suisse pour destruction; de même, des articles de presse mentionnent d'autres cas de contamination des sites industriels utilisant la dioxine, notamment en France et aux Etats-Unis où cette composante intervient dans la production d'agent orange. Il est également question des procès de plusieurs responsables de l'usine Icmesa, accusés de manquements dans la sécurité de l'usine, ainsi que celui de l'homme ayant acheminé clandestinement les fûts de dioxine de Seveso en France.
La cinquième chemise contient des tracts ainsi qu'un dossier informatif, un communiqué du Grand Conseil et des coupures de presse relatives au groupe Lignon-Seveso, qui exige davantage de transparence et une meilleure considération des risques industriels liés à la proximité de l'usine Givaudan. Suite à la catastrophe de Seveso, causée par l'usine Icmesa du même groupe, cette association craint une négligence des risques ainsi qu'un manque d'information autour des pollutions issues de Givaudan. La chemise contient également le rapport de la commission d'enquête parlementaire italienne sur Seveso, ainsi qu'un communiqué de presse de la commission des communautés européennes concernant leur participation financière à ces recherches.
La sixième chemise contient des coupures de presse, des communiqués de différentes instances politiques, ainsi que des communications personnelles de la part du cabinet de conseil Hill and Knowlton, travaillant pour le compte de Givaudan durant leur procès à la suite de la catastrophe de Seveso. Les articles de presse couvrent le début du procès, ses reports dus à la présence insistante de nombreuses victimes, activistes et journalistes, ainsi que la déposition d'un grand nombre de plaintes supplémentaires. Il est également question du silence de Givaudan sur le traitement des déchets de Seveso, puis de leur incinération à Bâle et des conséquences de celle-ci.

Ce dossier porte sur le groupe Longo Mai, créé en 1972 et constitué de jeunes européens de diverses nationalités dans le but de créer des communautés de vie autonomes en réinvestissant des villages désertés. En Suisse, cela concerne notamment le groupe Hydra, qui partage les mêmes idéaux. Le dossier contient des articles et brouillons d'articles de presse, des tracts et des correspondances; sont évoquées les diverses tentatives d'établissement de colonies de LM, ainsi que les arguments de leurs détracteurs (y compris des anciens membres).

La première chemise contient des coupures de presse et des communiqués au sujet du passage en Suisse de plusieurs terroristes étrangers, notamment de Gabriele Kröcher-Tiedemann et Christian Möller, membres de la "bande à Baader". Plusieurs médias s'inquiètent du rôle de la Suisse dans l'obtention d'armes et d'explosifs par ces internationaux, avec le soutien d'activistes locaux. Il est également question d'un groupe armé ayant pris des otages durant la conférence de l'OPEP en 1975, mené par Ilitch "Carlos" Ramirez-Sanchez, et de divers autres incidents et arrestations à la même période.
La deuxième chemise contient des coupures de presses et plusieurs manifestes revendiquant des attentats au cours des années 1970. Sont notamment concernés les attentats contre la représentation de la RFA, près de la Renfile à Vernier, à Sécheron (spécifiquement dans une visée anti-nucléaire), plusieurs lettres - dont certaines à caractère antisémite - et colis piégés, autour du procès Burgos, à l'usine Dupont, au poste de police de Châtelaine, au consulat de Jordanie, à la gravière d'Epeisses, à la mission d'Israël et à Carouge.